检疫性细菌菌数据库


    检疫性植物病原细菌数据库包含DNA条形码序列以及相应的PCR扩增通用引物、反应条件等实验技术信息,还包括了细菌相关的生物学信息,如来源、寄主、分类地位、理化特征、培养条件、危害症状等。

    本数据库共有细菌主要有条形码信息、500张有危害症状,2000份有害生物信息,5000条条形码序列。主要物种构成有:
    1、《中华人民共和国进境细菌检疫性有害生物名录》中检疫性细菌及其所在属或科的近缘种组成。
    2、风险评估报告中涉及到的检疫性细菌。
    3、其他重要的植物病原细菌及环境细菌。

技术操作规范和指南
   细菌标本的采集、制备和保存,标本数字化、DNA凭证标本的制作、DNA提取、DNA条形码数据质量遴选等流程按《植物病原菌标本采集保存规范》、《DNA条形码筛选与质量要求》、以及各类检疫性细菌DNA条形码鉴定方法等行业标准操作。

细菌鉴定技术路线
    对于未知的植物病原细菌,首先利用16S rRNA基因确定到属,然后利用cpn60,GyrB,rpoD、AvrBs2等基因进行种及种下阶元的确定。也可利用其他方法确定到属的,也可以直接利用cpn60等基因进行鉴定。

Q-Bank、GenBank等数据库
    为方便物种鉴定,提高鉴定有效性。本数据库还含有经上传者确认、复核后的Q-bank、GenBank等数据库的物种条形码信息。

Q-bank: http://www.q-bank.eu/

GenBank: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank

  • Solenopsis geminata
  • Solenopsis invicta
  • Solenopsis richteri
  • Solenopsis invicta-male
  • Solenopsis invicta-Queen

网站链接:

黄单胞菌资源信息网

http://www.xanthomonas.org/

16S rRNA数据库

http://rdp.cme. msu.edu

CPN60数据库

http://www.cpndb.ca/

NCPPB菌种保藏中心

http://ncppb.fera.defra.gov.uk/

DSMZ菌种保藏中心

http://www.dsmz.de/

BCCM/LMG菌种保藏中心

http://bccm.belspo.be/catalogues/bacteria